Surdulica je u tom mračnom istorijskom periodu pretvorena u sabirni logor i stratište gde je, prema procenama, na najsuroviji način, uglavnom hladnim oružjem, ubijeno između 5.000 i 10.000 ljudi sa teritorije cele tadašnje Kraljevine Srbije.
Među žrtvama su prvenstveno bili nosioci srpske nacionalne svesti: sveštenici, učitelji, oficiri, činovnici, ugledni domaćini, ali i brojne žene i deca. Oni su planski dovođeni iz niškog, vranjskog, topličkog i pirotskog okruga, kao i sa Kosova i iz Vardarske Srbije, a ubijani su pod lažnim izgovorom da se šalju na internaciju u Bugarsku.
Bugarske okupacione vlasti sprovodile su agresivnu bugarizaciju, uvođenjem svog jezika i paralelne crkve, a kada to nije dalo rezultate, pribeglo se fizičkoj likvidaciji srpske elite. Ubistva su vršena noću u lokalnim dubodolinama poput Duboke doline, Kalifera i Vlaškog dola. Da se ne bi trošila municija i sakrili zvuci plotuna, žrtve su ubijane noževima, motkama i kamenjem, što su nakon rata ekshumacijama potvrdili švajcarski kriminolog dr Rudolf Arčibald Rajs i američki novinar Vilijam Drajton.
„Svedoci procenjuju da je ubijeno nekoliko hiljada ljudi. Bilo ih je suviše da bi se izbrojali. Mnogi su poluživi zatrpavani u rake i dotucani kamenjem“, zabeležio je dr Rajs u svom zvaničnom izveštaju iz decembra 1918. godine.
Prvu Spomen-kosturnicu podigao je kralj Aleksandar Karađorđević 1924. godine u sklopu škole za ratnu siročad, ali su bugarske okupacione snage u Drugom svetskom ratu, tačnije 1941. godine, ponovo okupirale grad, ekshumirale kosti i tajno ih zakopale na Starom groblju, dok su samu kosturnicu srušile do temelja 1943. godine. Tokom tajnog prenošenja, lokalni sveštenici su prikupljali kosti koje su ispadale iz zaprežnih kola i sahranili ih pored crkve Svetog Pantelejmona.
Nakon višedecenijskog zaborava, obnova kapele započeta je 2003. godine na inicijativu udruženja „Stara Surdulica“. Tokom 2009. godine, prilikom kopanja privatne grobnice na starom groblju, radnici su ponovo naišli na kosti mučenika. Svečani prenos očišćenih moštiju u kriptu obnovljene Spomen-kosturnice obavljen je 29. maja 2010. godine.
Sveti Arhijerejski Sabor SPC je 2017. godine doneo odluku o kanonizaciji stradalnika, upisavši ih u Diptih Svetih. Danas se delovi njihovih moštiju, za koje svedočanstva i zvanični sajt SPC potvrđuju da su mirotočivi i blagouhani, čuvaju u Surdulici, vojnoj kapeli u Vranju, kao i u manastiru Svetog Prohora Pčinjskog.
Izvor: SPC; Izveštaj dr Rudolfa Arčibalda Rajsa;